徐州生物工程职业技术学院学生有三条升学途径：
专转本：学院成立专转本强化班提高升学率。
专接本：目前我院的专接本对接院校有扬州大学、南京林业大学、南京审计学院等。对接专业有：生物制药技术、药物制剂技术、生物技术及应用、园林技术、园艺技术、畜牧兽医、会计与审计、会计电算化等。
专升本：我院是北京理工大学、西北工业大学、重庆大学、中国农业大学等211工程高校的专升本成人教育教学站，在校期间可直接报名就读。
专本连读（五年制高职生）：畜牧兽医、会计电算化、机电一体化等五年制高职专业学生在校期间可以参加南京农业大学专本连读学习。
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